Le XIIIe siècle nous donne le spectacle de maintes épidémies de variole, tandis que la lèpre continue à régner à peu près à l'état endémique. Ce fut l'époque du grand élan de charité qui donne aux léproseries leur pleine efficacité.

C'est à ce moment - en 1297 - que Guillemette de Cortiambles lègue à la léproserie de Givry, une paire de souliers et à celle de Chalon, 12 deniers pour chaque lépreux soigné.

Les documents de cette époque nous montrent les campagnes dépeuplées, les champs incultes, la misère partout.

C'est dire que les occasions des querelles de bornage étaient nombreuses avec Cluny dont le rayonnement était alors à son sommet. Des querelles qui, au XIIe siècle, allaient prendre un ton tel qu'à deux reprises, des rois, Louis VII d'abord, puis Philippe-Auguste, durent intervenir.

En 1180, Philippe-Auguste obligea les seigneurs qui avaient attaqué Cluny à restituer les biens dont ils s'étaient emparés.

Au XIIIe siècle encore, les querelles se poursuivaient. En 1204, les bourgeois de Cluny se plaignaient des "maux innombrables" qu'ils enduraient de la part des hommes du château de Brancion "lesquels hommes", selon les termes d'une vieille chronique, "descendaient à mains armées et en grand nombre et commettaient d'injustes exactions sur les terres de Cluny". Il fallut l'intervention de l'évêque de Chalon, Robert, et de la comtesse Béatrix, pour ramener la paix. La dame de Brancion, Alix de Chalon, dont le mari Josserand était mort alors qu'il s'apprêtait à partir, avec Philippe-Auguste, pour délivrer le tombeau du Christ que Saladin menaçait de détruire, jura, devant l'évêque de "laisser en paix les bourgeois de Cluny". Ses fils Guillaume et Bernard, s'associèrent à ce serment.

Les relations de Brancion et de Cluny n'en furent pas moins, à maintes reprises, empreintes de confiance et de déférence.

En 996, Letband de Brancion, évêque de Mâcon, prit l'habit de Cluny où, nous dit Courtépée "il finit saintement sa vie".

Au XIIe siècle, Bernard de Brancion, avant de partir en croisade, avait cédé à Cluny son château de Boutavant contre la maison que l'abbé possédait à Beaumont. En 1230, Etienne de Brancion fut le 21e abbé de Cluny.

Le comte de Mâcon vendit le comté au roi Louis IX pour 10.000 lives en capital et 1.000 livres de rente. Jean de Braine mourut à Tripoli de Syrie lors d'une croisade.

Voici donc Mâcon et le Mâconnais possessions directes de la couronne.