On signale de nouveaux cas de peste qui viennent arrêter la prédication d'une croisade que François 1er devait entreprendre avec l'Angleterre, l'Espagne et l'Empire. Le Parlement de Bourgogne avait, un moment, pensé s'installer à Beaune ; mais le fléau touchait cette ville ainsi que Montbard et Saint-Jean-de-Losne. Le fléau dura huit mois. Semur ayant été également infecté, c'est à Saint Euphrome que se tinrent les Etats de Bourgogne. Le Parlement finit par se réfugier à Arnay-le-Duc.
l'épidémie avait pris, à Dijon, de telles proportions que des mesures furent prises pour envoyer, non seulement les domestiques, mais les maîtres et maîtresses se faire soigner à l'hôpital. Les mendiants furent expulsés de la ville.
dans un mandement relatif à l'hôpital de sa ville, Jacques Buraut, évêque d'Autun, parle des "pestes-famines, maladies dites trousse-galant et autres ayant cuy devant régné audit Autun et autres lieux circonvoisins et auxquels sont morts et enterrés au cimetière de l'église pa-roissiale de Sainte-Branche puis quatre ans en ça 3 000 à 4 000 pauvres".
Chalon, Le bailli se retire au château de Germolles. Lors de la venue de Charles IX , les habitants pour l'accueillir, revinrent dans la ville qu'ils avaient quittée pour fuir le fléau.
Les médecins et apothicaires choisissent "la maison et grange sise à Saint-Jean-de-Vignes sur la Pâquier dépendant de la commanderie de Saint-Antoine" comme lieu favorable à l'hospitalisation des malades.
La peste envahit tout le Mâconnais, principalement Cluny. Un ordre du baillage enjoint aux habitant de Mâcon de ne pas aller aux champs "et mesme à la foire de Tornuz".
une violente épidémie sévissait à Ciel près de Verdun. Des voyageurs la transportèrent à Beaune où les victimes furent nombreuses. A Dijon, beaucoup d'habitants s'enfuirent de la ville.
On rapporte que le roi, lorsqu'il fit son entrée à Lyon, le 1er septembre 1595 après avoir "beaucoup fourragé en Bresse", traînait avec ses hommes une maladie dont beaucoup de lyonnais moururent.
Le 23 août de cette année, le baron de Sennecey, lieutenant général du duché, était mort de la peste à Auxonne.
Le siècle s'acheva au milieu des maladies de toutes sortes dont les épidémies suivaient les armées durant les guerres de religion.
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